马晓军父丽南、母覃氏。兄弟5人，他排行第二。其少年即颖悟异常，读书勤奋，参加童试，以县试第一名考取梧州府学员，中榜秀才。后投笔从戎，被选送保定陆军速成学校学习，旋为陆军部选送赴日本振武学校，补习普通科三年，转联队为入伍生，在东京加入同盟会。受训刚期满，孙中山领导的辛亥革命爆发，他即回国参加革命，任南京留守府参谋兼学生军队长。南北议和后回广西任混成旅参谋。孙中山领导的二次革命失败后，他再次东渡，入日本陆军士官学校中国学生队第十期步兵科深造。1915年毕业后回到北京，在陆军第十师见习，同年奉蔡锷命回广西。途经南京时被袁世凯的爪牙发现扣留数月，脱险后回到广西。他与广西当局格格不入，但为了事业发展，只好迁就，1917年在都督府任中校参谋，参加护国运动。此时正值青春年华的马晓军满怀雄心壮志，但又深感孤掌难鸣，想谋取一个事业的发展点，以便集中有志青年共同奋斗。于是他向广西督军陈炳琨建议创办陆军模范营，希望以此集中精力，营造日后发展的资本。为改变部队素质，经多方陈说，意见终被采纳，陈炳琨任他为营长，使他的理想计划初步实现。此时任广西都督的陆荣廷，出身于巡防军。他的部下也多为巡防旧军，官兵可以不学而充。当时的将领，除陈炳琨较有理智外，其他对新军如隔山万重，从军校毕业的学生尤为顾忌不敢重用。原因是担忧武昌起义时新军相继参加革命的事实重演于门下。所以广西青年军官由保定陆军军官学校毕业后想在广西省内工作，大多被拒绝。如后来战功显赫的李品仙、廖磊、叶琪、何柱国等，从军校毕业之后只好到湖南，或者到关外去找工作。所以，马晓军创办陆军模范营，就为在外地军校毕业的青年回桂效力创造了一个十分难得的用武之地。马晓军被任命为模范营营长后，即着手进行该营的组建：以马军毅为营附，罗经为副官，黄旭初、朱为珍、曾志沂、苏端为连长；黄绍竑、白崇禧、夏威、周己任、徐启明、余志芳、张淦、梁朝玑、黄中聪等23人为连附，招考高小毕业的学兵六百余人。凌压西、冯璜、马伟新等人经考取后宣誓人营。并由第一师抽调优秀士兵，先期加以训练，充任班长，故干部士兵程度、水准颇为整齐。再者训练教育均仿效日本，所以实不愧为当时之模范军队。模范营第一期教育期满，适遇护法军兴，马晓军率营随军援湘。模范营战功显著，备受上方赏识。马晓军升任广西护国军副司令。他乘机与督军谭浩明商量，建议将模范营官兵分调各旧军中，充任教练工作。他想借机将他的部属插予垒省军队，以扩展培植他的实力。他的建议得到谭浩明的采纳，于是将模范营大部分干部和学生分调出去，这样使他们也获得升级的机会，不致于局限在模范营内。同时，黄旭初得升任营附，白崇禧、黄绍竑、夏威等升任连长，马晓军本人也升为第一支队司令。1919年冬，马晓军因为率营援湘及回桂后剿匪屡立战功，被当局委为兼任团长，增扩两营兵力，黄旭初、白崇禧升为团附，黄绍竑升为模范营营长。马晓军此时兼任团长，表面上工作据点较前扩大，但新拨的两个营均为陆荣廷的旧部，与马晓军的新军意气不相投。所以1920年马晓军率部人粤时，孙中山领导的国民党起来推翻广东都督莫荣新(广西人)，马晓军当时极欲响应，最终因为这两个营梗阻未遂。后来马晓军班师回桂到梧州，该营营长向陆荣廷谗言马晓军并欲陷害。马晓军幸得友人在陆荣廷面前疏通，而免遭灾祸。但马晓军部因此而调驻百色，陆荣廷意在使马晓军不能接近粤境与粤军相勾结。1921年5月，孙中山在广州就任大总统。广西都督陆荣廷听命于北洋军阀政府，分兵三路攻粤。广东方面选派出密使来广西作内应，之后反攻广西。当粤军攻桂时，陆荣廷部将刘宸寰、沈鸿英在梧州怀集倒戈，马晓军也在百色举旗响应。陆荣廷见势不支，被迫下野。广西于是被孙中山领导的革命力量占领，马晓军被任命为广西田南道十三属警备司令，扩编兵力为大营，内分两统领：白崇禧任第一统领，黄绍竑任第二统领。夏威、韦云淞等为营长。马晓军的队伍扩编尚未完整，粤军总司令陈炯明背叛孙中山大总统而将在桂的粤军调回广东。广西陆荣廷的旧部称自治军乘机四起，反粤客军。马晓军部奉广西省长马君武之命从百色调往南宁助守省府，与自治军抗衡。晓军部由黄绍竑率领赴南宁，到南宁后见势不利，在黄绍宏积极建议下，即转向灵山县撤退。马晓军在此间离开部队与陈雄往北海后往广州，部队由黄绍竑指挥。黄率部往玉林与李宗仁合作。马晓军到广州后被孙中山任命为元帅府大本营参军，此后历任国民革命总司令部高级参谋，军事委员会办公厅主任，军政部主任参事等职。三、四十年代任侨务委员会委员，立法院立法委员等。1929年3月27日蒋桂战争爆发，桂系失败。1930年8月21日黄绍竑电蒋介石“息兵和谈”。10月26日，李济深、陈铬枢鉴于黄绍竑、白崇禧等均为马晓军旧部，故请马氏主持两广和平。是日，国民政府派马晓军自沪赴港转梧州收拾桂局。马晓军热心公益事业，在广西倡议建武博公路，开全省路政先河。在南京重建两广宾馆，使在南京的两广乡亲有联谊之所。他还在南京创办两广中学。抗战时期马晓军居住桂林，创设世界红十字会广西分会，为抗日救死扶伤募集了大批资金。1949年马晓军移居台湾。1959年2月23日夜，在访白崇禧回来的路上，被美国军车撞成重伤，经医院抢救无效而去世，终年79岁。其骨灰原葬于台北士林镇大直山。白崇禧撰写“立法委员马翰东先生墓表”及“马晓军行状”。举行国葬时，蒋介石题词：“志业长昭”。香港的两广同乡会举行追悼会时，由张发奎、黄旭初主持。1995年农历8月初4日，按马晓军生前遗愿，其骨灰移葬于故乡容县松山镇慈堂村高樱岭。马晓军深受儒家思想熏陶，为人谦恭有礼，办事持重严谨，不嗜烟酒，对晚辈关怀备至。著述有《广西革命军发源之自路》、《中国兵力之比较》等。马晓军一生最令人称道的业绩，是创办广西陆军模范营。培植了新桂系一批重要将领，如：黄绍竑、白崇禧、黄旭初、夏威等，为统一广西作出了贡献。
